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【原创】SNP的meta分析从0基础到文章接受（已完成，欢迎讨论(附Stata12.0带meta模块软件）

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丁香园荣誉版主

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1楼

这个帖子发布于6年零143天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

Association of two polymorphisms rs2910164 in miRNA-146a and rs3746444 in miRNA-499 with rheumatoid arthritis: A meta-analysis.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24824381　　
大家好，我在去年五月分时，一时兴起，找了个SNP的meta分析来做，当时都不知道什么是SNP，到今天收到文章接受的消息时，我还是很激动．我今天开此帖将我的学习经历，资料（所发文章所有数据）进行分享．并且把统计学过程重复一边．(用ＳＴＡＴＡ软件进行)，希望可以帮助到在进行SNP　meta分析的同学．（我把我在snp　meta学习中的资料也上传了。）
第一部分： SNP与meta分析
单核苷酸多态性性( single nucleotide polymorphism, SN P)是指在染色体基因组水平上单个核苷酸的变异引起的DNA 序列多态性, 而其中最少一种等位基因在群体中的频率不小于1%。它包括单碱基的转换, 颠换、插入及缺失等形式。例如, 一个SNP 可以将一个DNA 序列: AA GGCTAA 变为ATGGCTAA , 其中发生了A→T的颠换。
SNP 在基因组内可以划分为两种形式: 一是遍布于基因组的大量单碱基变异; 二是基因编码区的功能性突变．
SNP可能会引起编码蛋白的结构或功能异常，从而导致疾病的易感性，程度等增加或降低．而由于作用效能是其使某些临床结局加重还是减轻需要通过病例对照分析来发现．但是往往由于这些病例分析研究的样本量，人种，人群基线资料等的差异会造成结果的不统一．因此就需要用meta分析来(1)．增加样本量增加检验效能探索其真实效应．(2)．亚组分析来识别混杂因素对与效应之间的关系．(3).探索异质性来源来发现影响效应的因素．从而在一定程度上使问题得到清晰的解决．
在此阶段，我当时遇到的问题：
1. 什么是SNP？　我是学临床的，根本不知道这个东西．我从生化书，百度，中文相关文献等很快对SNP进行了一个大体的认识．之后就是在读别人文章的过程中会发现，同一个ＳＮＰ表述方式竟然不一样．接着下一个问题就来了．
2. 如何表示SNP？　当时我去问过搞基础的老师，也在DXY中发帖提问，得到了正确的解答．我在2013年6月分时发帖子提问的：http://www.dxy.cn/bbs/topic/25835156
　　一个microRNA-499的SNP.命名如下:
1. miR-499 3746444 (A>G)
2. miR-499 3746444 (T>C)
3. rs3746444
这三个意义都一样嘛?
其中第一个与第二的区别是什么? 是不是可以这样理解: A=T,C+G.所以前两个其实一样.
对于第一个和第二个中 (A>G), (T>C)表达什么意义?
　　答案：1，2的意思是一样的，区别是正义链和反义链。3的意思是基因组上的这个位点是个snp。指的是基因组上的序列。
第二部分：选题
　　在我个人看来，ＳＮＰ的meta分析是很容易上手的。选题也不难，但是，正是因为选题也不难且容易实施，所以大家都争着去做，这就会造成无题可做。
　　首先，定向：骨科。
　　由于基因多态性是个老问题了，但是microRNA比较新。我本人也在大三时写过microRNA与炎症的一个中文的综述。因此，将题目定在microRNA多态性与RA的关系。在众多的microRNA，与炎症有关的有microRNA-146a。因此定向到microRNA-146a与RA的关系。
　　同样，我和大多数人一样，首先想到的是microRNA多态性与肿瘤，但是大家都能想到的，我们就不要去挤。我查后，发现microRNA多态性与肿瘤的文章就有近十个。其中只有一个是国外人做的。国外那个做了所有的肿瘤，而国内的那几个，针对性的做了某些肿瘤。国外的那个文章涵盖了所有国内的那几个文章了。可以看到，ＳＮＰmeta的灌水程度有多深了。我好像听说过疾病大致分为两类，一类是肿瘤性的，一类是免疫性的。当肿瘤性的被瓜分完了的时候，我转向了免疫性的。恰恰在Embase中发现有人做了microRNA多态性与免疫性疾病的meta分析。其中包括了RA，但是他纳入的文献比较少，只有三个，而且目前又有了3个新的研究，所以我就把题目定在了：
Association of Two Polymorphisms rs2910164 in miRNA-146a and rs3746444 in miRNA-499 with Rheumatoid Arthritis: A Meta-analysis.
（其中miRNA-499是在文章筛选时发现的，其往往miRNA-146a同时被研究，而且得益于我们检索((((arthritis OR Polyarthritis))) AND (polymorphism OR polymorphisms)) AND (microRNA OR microRNAs.)，并没有说明是哪一个miRNA，所以加入miRNA-499是合情合理的。同时，也增加了我们文章的内容）
到此为止，是我们题目的来源（里面有些表述不是很规范，希望大家理解）
第三部分：检索
　　当时我不是很懂检索，所以主要是模仿。检索不一样要看起来高端大气、上档次，只要在保证检索全的基础上准，是最好的了。
　　检索按照“PICOS”原则进行。
　　Ｐ无限制，Ｉ可以当成是microRNA多态性，Ｃ　microRNA野生型（不限制），Ｏ：ＲＡ　Ｓ：Case-control（不限制）
检索词：microRNA(从以发表关于microRNA的高质量的meta分析中找，看别人是如何制定的检索式)
　　　　　多态性(从以发表关于基因多态性的高质量的meta分析中找，看别人是如何制定的检索式)
　　　　　ＲＡ(从以发表关于ＲＡ的高质量的meta分析中找，看别人是如何制定的检索式)
检索词语为：
一：microRNA，microRNAs.
二：polymorphism, polymorphisms
三：arthritis, Polyarthritis
检索式为：
(microRNA OR microRNAs) AND (polymorphism OR polymorphisms) AND (arthritis OR Polyarthritis) （这是我们输入的语言）
Pubmed对应的高大上的机器语言为
(("micrornas"[MeSH Terms] OR "micrornas"[All Fields] OR "microrna"[All Fields]) OR ("micrornas"[MeSH Terms] OR "micrornas"[All Fields])) AND (("polymorphism, genetic"[MeSH Terms] OR ("polymorphism"[All Fields] AND "genetic"[All Fields]) OR "genetic polymorphism"[All Fields] OR "polymorphism"[All Fields]) OR ("polymorphism, genetic"[MeSH Terms] OR ("polymorphism"[All Fields] AND "genetic"[All Fields]) OR "genetic polymorphism"[All Fields] OR "polymorphisms"[All Fields])) AND (("arthritis"[MeSH Terms] OR "arthritis"[All Fields]) OR ("arthritis"[MeSH Terms] OR "arthritis"[All Fields] OR "polyarthritis"[All Fields]))
检索数据库：
Pubmed Embase (因为ＳＮＰ是非ＲＣＴ，且有些偏向于基础的研究，所以我没有检索cochrane, clinicaltrial.gov)
检索结果
Pubmed:26

第四部分：文章筛选及全文获取
　这部分没有什么要点可以说。但以理几点要做到：
1. 会用endnote　
2. 两个人独立重复进行
3. 对于引用文献的筛选要认真，这里往往有意想不到的发现
　下载文章：
1. 首先去pubmed中下载，如果下载不到，就到下一步
2. 去google搜索，有可能会找到ＰＤＦ版。如果下载不到，就到下一步
3. 有一个好的方法。在文献所以的网页一级网站后加　.sci-hub.org，就可以下载到全文了。这个是很好的方法，不受ＩＰ限制。如果下载不到，就到下一步
4. 找文献下载群求助，如果下载不到，就到下一步
5. 如果下载不到，就到ＤＸＹ求助　（要叮当嘛，不推荐首选）
6. 文献传递　（时间48小时，两个工作日，而且不一定传递得到，不建议首选）
初筛过程

二筛选后文章，6个　（见附件，由于附件只能上传五个，所以我就上传五个吧，）

第五部分：数据提取(在这里我们只展示数据部分，对于一些基线资料的提取也很重要，我们就不进行展示了)

case			control
study ID	SNP	HWE	GG(TT)	GC(CT)	CC	GG(TT)	GC(CT)	CC
Chatzikyriakidou, et al 2010	miR-146a	case:0.99 control: 0.50	73	53	10	80	53	14
Yang, et al 2011	miR-146a	case:0.98 control:0.529	28	95	85	30	116	94
Yang, et al 2011	mir-499	case: 0.157 control:0.88	159	42	7	182	53	5
Jim ?enez-Morales, et al 2012	mir-146a	case:0.17 control:0.67	102	80	28	236	229	66
Qian, et al 2012	mir-146a	case:0.53 control: 0.93	16	65	42	35	109	76
El-Shal, et al 2013	mir-146a	case: 0.98 control:0.07	30	103	84	15	119	111
El-Shal, et al 2013	mir-499	case:0.34 control: 0.98	113	93	11	167	70	8
HASHEMI, et al 2013	mir-146a	case:0.93 cibtrol:0.55	57	39	8	64	37	9
HASHEMI, et al 2013	mir-499	case:0.001 cibtrol:0.003	46	32	26	74	25	11

第六部分：数据分析（所有数据，见楼下）
因为是做ＳＮＰ，所以要有一点点遗传相关的知识，下面是我们数据处理的一些设计好的遗传模型
miRNA-146a rs2910164 G>C:
1. Allele model : C/G
2. Heterozygote model: GC/GG
3. Homozygote model: CC/GG
4. Dominant model: CC+GC/GG
5. Recessive model: CC/CG+GG
miRNA-499 rs3746444 A>G: T>C
1. Allele model : G/A
2. Heterozygote model: AG/AA
3. Homozygote model: GG/AA
4. Dominant model: AG+GG/AA
5. Recessive model: GG/AG+AA
按照上面的方法进行，我们就可以将数据分成四格表资料了，这样就很容易看懂了，大家她好理解。
如下图，上面的为原始数据，下面的为我们进行运算时所用的数据。红色部分是我们进行miRNA-146a rs2910164 G>C:　　1. Allele model : C/G
写成a b c d 为：casealleleC casealleleG controlalleleC casecontrolG
这个在stata或RevMan中都可以进行meta合并了。

studyID	Year	caseGG	caseGC	caseCC	controlGG	controlGC	controlCC
Chatzikyriakidou	2010	73	53	10	80	53	14
Yang	2011	28	95	85	30	116	94
Jim enez-Morales	2012	102	80	28	236	229	66
Qian	2012	16	65	42	35	109	76
El-Shal	2013	30	103	84	15	119	111
HASHEMI	2013	57	39	8	64	37	9
studyID	casealleG	casealleleC	caseCCGC	caseGCGG	controlalleleG	controlalleleC	controlGCGG	controlCCGC
Chatzikyriakidou	199	73	63	126	213	81	133	67
Yang	151	265	180	123	176	304	146	210
Jim enez-Morales	284	136	108	182	701	361	465	295
Qian	97	149	107	81	179	261	144	185
El-Shal	163	271	187	133	149	341	134	230
HASHEMI	153	55	47	96	165	55	101	46

作出的图为：（其他模型可以类推进行，这里不一一写出来）

到此为此，我们就大概说了一哈SNP的meta其中还一些亚组分析，敏感性分析，的统计部分，我没有进行演示，这部分相对比较容易，重点是一些大的框架，我给大家列出来了。
此外，还有一些要用：哈温平衡的检验，是ＳＮＰmeta分析中不可少的一部分，如果大家有问题也可以跟帖提问。
重点是走出第一步，只要敢去做就行，过程中遇到困难，都可以在园子里提问。对于文章数据的解读、文章写作方面，如果大家有问题，也可以问我。我就是这样一步步在园子时学出来的。希望有心人能功有所收获，欢迎大家讨论。
鉴于园子里好多人都在求助STATA12.0 软件，需要私信发我邮箱，我看到后，会第一时间发送的，希望大家能投票支持，谢谢。当年我也为了这个软件恼火了很久。

版主ahzzr3711留言:
感谢分享，期待继续补充完成过程！